Browsing by Author "Sáez Beltrán, Alejandro José"

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    Effect of CRISPR/Cas9 Targets Associated with Iron Metabolism and Its Variation on Transcriptional Regulation of SHK-1 Cell Line as a Model for Iron Metabolism
    (2024) Dettleff Faundes, Phillip James; Yehwa Jin; Carolina Peñaloza; Rodrigo Pulgar; Sáez Beltrán, Alejandro José; Diego Robledo; Escobar Aguirre, Sebastián Gonzalo
    In this study, we investigated the function of a gene associated with iron metabolism using CRISPR-Cas9 and RNA sequencing in SHK-1 salmon cells. Our objective was to understand how different guide RNA (gRNA) sequences against the transferrin gene tf could influence gene expression and cellular processes related to iron uptake. RNA-Seq analysis was performed to evaluate the transcriptomic effects of two distinct gRNA targets with high knock-out (KO) efficiencies for the targeted tf gene in the SHK-1 genome. Our results showed no significant differential expression in transferrin-related transcripts between wild-type and CRISPR-edited cells; however, there were major differences between their transcriptomes, indicating complex transcriptional regulation changes. Enrichment analysis highlighted specific processes and molecular functions, including those related to the nucleus, cytoplasm, and protein binding. Notably, different sgRNAs targeting tf might result in different mutations at DNA levels in SHK-1 salmon cells.
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    Identificación de vías del metabolismo del hierro ligadas a la respuesta inmune en Salmón del Atlántico (Salmo salar) frente a brote natural de Piscirickettsia salmonis (P. salmonis)
    (2022) Sáez Beltrán, Alejandro José; Escobar Aguirre, Sebastián Gonzalo; Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Agronomía e Ingeniería Forestal
    Gran parte de las pérdidas de la industria de salmonicultura son asociadas a la Piscirickettsia salmonis, agente causante de la Septicemia Rickettsial Salmonídea. Para lidiar con este patógeno la industria emplea vacunas y antibióticos, los cuales han demostrado ser insuficientes. Estudios previos han identificado a través de análisis genómico, un grupo de genes candidatos, en familias con resistencia natural al SRS, que podrían estar involucrados en generar esta inmunomodulación. Sin embargo, la mayoría de estos estudios se realizan bajo condiciones controladas. Por lo tanto, este trabajo apuntó a evaluar la respuesta de las vacunas en función de ciertos genes candidatos, bajo condiciones productivas, es decir, balsas jaula en mar. La metodología implicó medir el desempeño de 3 tratamientos con vacunas inyectables, uno de estos sin tener antígeno para SRS como vacuna control, otro con una formulación experimental y el último con la estrategia más empleada en la industria. Se muestrearon 5 animales por grupo desde marzo hasta agosto, extrayendo el riñón cefálico y evaluando el ARN mensajero mediante qPCR con partidores para genes involucrados con metabolismo del hierro y la respuesta inflamatoria. Los resultados indicaron que la expresión de Transferrina y TNF-α aumentan su expresión en el mismo tratamiento que posee menores niveles de mortalidades. Por ende, se demostró que las vacunas tienen un efecto de protección ante el SRS, además se observó una relación entre la expresión de genes relacionados con el metabolismo del hierro y la respuesta inflamatoria.