Herramientas de libre acceso para la detección de secuencias específicas en ADN ambiental

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dc.catalogadoraba
dc.contributor.advisorFederici, Fernán
dc.contributor.advisorRamírez Sarmiento, César Antonio
dc.contributor.authorMatute Torres, Tamara Francisca
dc.contributor.otherPontificia Universidad Católica de Chile. Escuela de Ingeniería
dc.date.accessioned2023-11-16T19:22:39Z
dc.date.available2023-11-16T19:22:39Z
dc.date.issued2023
dc.descriptionTesis (Doctor en Ciencias de la Ingeniería)--Pontificia Universidad Católica de Chile. Escuela de Ingeniería, 2023
dc.description.abstractLa conservación de los recursos naturales y la diversidad biológica representa un desafío urgente a abordar a nivel mundial. Dentro de los grandes problemas que afectan actualmente a la biodiversidad está la presencia de especies exóticas invasoras (EEI) en los ecosistemas naturales. Este factor no solo determina un gran deterioro en la diversidad biológica y daño ecosistémico, sino que también se traduce en importantes pérdidas económicas y amenazas zoonóticas. Dado que las posibilidades de controlar una especie invasora una vez que ha colonizado un lugar se vuelven escasas, las recomendaciones a nivel internacional apuntan a estrategias de monitoreo temprano como la opción más económica y efectiva que permite ejecutar planes anticipados de prevención. Sin embargo, una de las principales barreras en el control y contención de las EEI es la inexistencia de sistemas de monitoreo adecuados y la dificultad de movilizar recursos para su ejecución. Es por esto, que urge la necesidad de crear sistemas de monitoreo económicos, rápidos y eficientes que permitan una temprana identificación de EEI en terreno. En este trabajo se presenta el desarrollo de recursos biológicos, hardware y software de libre acceso para el monitoreo de ADN ambiental en ecosistemas hídricos, enfocado principalmente en la detección de Castor Canadensis. Esto incluye el desarrollo de herramientas moleculares accesibles localmente, la elaboración y optimización de reacciones LAMP caseras y a bajo costo, la selección de targets y diseño de primers específicos para mejorar el desempeño de las reacciones con muestras ambientales, la validación de ensayos LAMP para la detección de Castor Canadensis, y la elaboración de equipamiento y software de libre acceso para el registro y análisis de señales fluorescentes. Los resultados de esta tesis demuestran la detección molecular de ADN de Castor Canadensis a bajo costo y de manera descentralizada gracias a los insumos producidos de manera local y el desarrollo de herramientas de libre acceso de hardware y software. Además, el desempeño de estas reacciones fue comparable con los kits comerciales en términos de sensibilidad y especificidad, constituyéndose como una alternativa más económica para el diagnóstico molecular. Se espera continuar con la optimización y evaluación, tanto de las reacciones LAMP como el equipamiento, con muestras ambientales, lo que podría permitir avanzar en xii el desarrollo y aplicabilidad de las técnicas de detección molecular en terreno, la vigilancia epidemiológica y/o la conservación de especies.
dc.fechaingreso.objetodigital2023-11-16
dc.format.extent177 páginas
dc.fuente.origenSRIA
dc.identifier.doi10.7764/tesisUC/ING/75322
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.7764/tesisUC/ING/75322
dc.identifier.urihttps://repositorio.uc.cl/handle/11534/75322
dc.information.autorucEscuela de Ingeniería; Matute Torres, Tamara Francisca; 0000-0002-0486-985X; 186256
dc.information.autorucEscuela de ingeniería ; Ramírez Sarmiento, César Antonio ; 0000-0003-4647-903X ; 1037905
dc.information.autorucFacultad de Ciencias Biológicas; Federici, Fernan; 0000-0001-9200-5383; 123357
dc.language.isoes
dc.nota.accesoContenido completo
dc.rightsacceso abierto
dc.subjectEspecies exóticas invasoras
dc.subjectBiología sintética
dc.subjectCódigo abierto
dc.subjectBajo costo
dc.subjectEnsamblaje de ADN
dc.subjectuLoop
dc.subjectProducción de enzimas
dc.subjectReclone
dc.subjectLibrería de partes genéticas
dc.subjectBstLF
dc.subjectM-MLV
dc.subjectLAMP
dc.subjectSARS-CoV-2
dc.subjectDetección molecular
dc.subjectAmplificación in-vitro
dc.subjectReacción isotermal
dc.subjectCastor canadensis
dc.subjectEquipamiento abierto
dc.subjectSoftware libre
dc.subjectFluoPi
dc.subject.ddc620
dc.subject.deweyIngenieríaes_ES
dc.titleHerramientas de libre acceso para la detección de secuencias específicas en ADN ambiental
dc.typetesis doctoral
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