Browsing by Author "Salgado Salgado, Oscar Alexis"

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    Effects of hydrogeochemistry on the microbial ecology of terrestrial hot springs
    (2023) Barbosa, Carla; Tamayo Leiva, Javier Alejandro; Alcorta Loyola, Jaime Andrés; Salgado Salgado, Oscar Alexis; Daniele, Linda; Morata, Diego; Diez Moreno, Beatriz
    Temperature, pH, and hydrochemistry of terrestrial hot springs play a critical role in shaping thermal microbial communities. However, the interactions of biotic and abiotic factors at this terrestrial-aquatic interface are still not well understood on a global scale, and the question of how underground events influence microbial communities remains open. To answer this, 11 new samples obtained from the El Tatio geothermal field were analyzed by 16S rRNA amplicon sequencing (V4 region), along with 191 samples from previous publications obtained from the Taupo Volcanic Zone, the Yellowstone Plateau Volcanic Field, and the Eastern Tibetan Plateau, with their temperature, pH, and major ion concentration. Microbial alpha diversity was lower in acid-sulfate waters, and no significant correlations were found with temperature. However, moderate correlations were observed between chemical parameters such as pH (mostly constrained to temperatures below 70°C), SO4 2− and abundances of members of the phyla Armatimonadota, Deinococcota, Chloroflexota, Campilobacterota, and Thermoplasmatota. pH and SO4 2− gradients were explained by phase separation of sulfur-rich hydrothermal fluids and oxidation of reduced sulfur in the steam phase, which were identified as key processes shaping these communities. Ordination and permutational analysis of variance showed that temperature, pH, and major element hydrochemistry explain only 24% of the microbial community structure. Therefore, most of the variance remained unexplained, suggesting that other environmental or biotic factors are also involved and highlighting the environmental complexity of the ecosystem and its great potential to test niche theory ecological associated questions.
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    Relación virus-hospedero en ambientes termales: especificidad y ecogenómica de sistemas CRISPR-Cas
    (2023) Salgado Salgado, Oscar Alexis; Diez Moreno, Beatriz; Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas
    La relación virus-hospedero se ha estudiado en varios ensayos dentro de los laboratorios, mientras que se han realizado comparativamente pocas descripciones en ambientes naturales. Entre estos, los ambientes de alta temperatura han sido comparativamente menos explorados, a pesar de los reportes de virus habitando en aguas termales y su relación con hospederos específicos. En ambientes termales con temperaturas por debajo de los 80°C y con un pH cercano a 7 todavía son menos los estudios representados en las bases de datos. En esta tesis doctoral se hipotetizó que la relación virus-hospedero es altamente específica dentro de los diferentes hábitats termales (sedimentos, tapete microbiano y agua termal), y que los sistemas de defensa CRISPR-Cas podrían revelar novedades filogenéticas debido a procesos coevolutivos. Mediante análisis bioinformáticos realizados en 48 metagenomas, que incluyen 13 de Chile en El Tatio (tercer campo geotermal más grande del mundo), se identificó una relación virus-hospedero altamente específica para termas de todo el mundo geográficamente distantes y en el rango mesotermofílico (40°-80°C) con pH circumneutral (pH 6-8). Además, se identificaron nuevos grupos de genes conservados del sistema inmunitario adaptativo CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats and CRISPR-Associated Proteins). Finalmente, el análisis más detallado de los sistemas CRISPR-Cas encontrados en los ambientes termales indica una asombrosa diversidad genética, incluidos tipos de sistemas y proteínas raros, que podrían tener un potencial biotecnológico. Este trabajo contribuye a comprender las complejas relaciones virus-hospedero en la naturaleza y refuerza la comprensión de los virus como una de las principales fuerzas impulsoras de la evolución de las comunidades microbianas en ambientes naturales.
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    Taxonomic Novelty and Distinctive Genomic Features of Hot Spring Cyanobacteria
    (2020) Alcorta Loyola, Jaime Andrés; Alarcon Schumacher, T.; Salgado Salgado, Oscar Alexis; Diez Moreno, Beatriz